虽然古人类占领了很多先行者星球，不过人类为对付虫族牺牲巨大，击退了虫族之后，古人类已经消耗殆尽，同时先驱的科技也并非能在短时间就大幅度的加以利用。于是在雷诺大将军的指挥下，人类被迫回撤到查姆·哈克星球。他们使用先驱的科技和防卫要塞抵抗强大的先行者星际舰队。他们的路线被切断后，古人类继续抵抗了59年。公元前109，000年左右，在绝对的优势面前，尚未能完全消化先驱科技的人类被击败，无数的古人类和先知不愿被俘而自杀。不过先行者这边也损失巨大，在先驱无可匹敌的科技力量面前，宣教士的后代亦全部阵亡。　　 战后，先行者最终放弃灭绝战败的人类，认为会违反衣钵的意义。宣教士和他的普罗米修斯战团在后来的政治斗争中处于被动，由于处在和平环境下，加之激进的思想，他们最终被迫退出议会，宣教士和他的战团代表的整个先行者武侍者阶级在随后的数千年中被边缘化，舰队解散，先行者军事实力削弱，这使得他们在后来的虫族再次入侵时措手不及。宣教士也自我放逐，休眠于存放在地球的战士牢笼（cryptum）之中。先行者将人类和先知的基因退化，回到没有科技文明前的原始时代重新进化，并且处决了很多挑起冲突的古人类。先行者开始称霸银河系。　　 先行者——虫族战争　　 银河系中已经无法寻找到任何先驱，而他们下达的灭绝先行者的命令开始由虫族执行，为了对虫族再次入侵银河系做好最坏的打算，先行者的首脑——大架构师（master builder faber）在公元前101，000年下令建造环带阵列。他在大方舟（greater ark）建造了12个直径3万公里的大环带，用作对付虫族的终极手段，而同时在小方舟【ark（installation 00）】秘密建造了6个直径1万公里的全面升级的小环带。两个方舟以及大量的的护盾世界(shield world)用以保护银河系物种的样本在环带发射时免遭灭绝。智库长带领着造物者阶级（lifeworker）进行采集和索引银河系物种并送往方舟的工作，但工程量巨大，彻底完成需要大量时间。　　 虫族在公元前100，300年再次出现在银河系，开始了与先行者持续三百年的战争。先行者尝试所有方法，也未能击退虫族，一直处于劣势。同时，虫族逐渐掌握智慧生物们的科技，实力高速膨胀。　　 公元前100，043年，先行者大架构师授权军事人工智能偏见之僧（mendit bias/mb）在查姆·哈克星球附近测试发射07号大环带。攻击穿透了星球上所有的先驱建筑，并释放出人类存放在这里的上古尸脑兽。偏见之僧随后将它带到07号大环带研究，并与07号环带一同消失了43年。在这段时间内，由先驱转换而成的上古尸脑兽与偏见之僧进行了交谈，先驱传达的思想几乎是难以抗拒的，以至于偏见之僧最后也不得不被强大的上古尸脑兽诉说的故事和真相说服：相信银河系的未来属于虫族，先行者自作主张接手“衣钵”的举动让银河系陷于永恒的停滞，只有毁灭先行者才能让银河系的物种继续进化。　　 随着战事进行，先行者将另外11个大环带调回银河系的先行者首都圈，偏见之僧也在公元前100，000年突然带着07号环带回来，它控制了在场的许多引导者ai，对先行者发起突然袭击。新星宣教士发出了故障保护密码，暂时瘫痪偏见之僧，启动首都圈的防卫系统，与同伴进入运输舰回到方舟与妻子智库长会合。偏见之僧的权限成功控制了五个大环带，声称与虫族合作消灭先行者。先行者将其余的七个环带从首都圈的传送门紧急送入方舟，但是由于情况危急，最终传送门超载崩溃，只有一个在传送门坍塌前抵达。首都圈的防卫系统发挥作用，摧毁其中一个大环带，处于极度不利处境下的偏见之僧带着07号大环带撤退，其余的大环带下落不明。　　 接受了宣教士精华并完全完成蜕变的新生之星成为新星宣教士，并重新掌控先行者军团控制权，他随后追踪到偏见之僧和上古尸脑兽所在的07号环带，率领舰队拦截。宣教士（新星）用控制密码驱逐了偏见之僧，将严重受损而不稳定的07号大环带缩减为小环带后传送到大方舟。他与查卡斯，拷问了07环带上的上古尸脑兽。尸脑兽告诉他们：自己就是由先驱转化而成，用以操纵虫族，并将先驱、先行者、古人类、虫族的关系、人类其实没有治愈虫族的方法等真相尽数告知。艰难的决定下，宣教士最终成功使用衰变技术，将原基周围的时空环境在短时间内跨越百亿年，最终使得看似不可摧毁的上古尸脑兽在熵值崩溃中消亡，而他只将从原基口中得知的真相告诉了妻子智库长。　　 时机成熟，偏见之僧率领虫族大军，操纵由数百万艘强大的战舰组成的军队，以难以阻挡的实力进攻方舟，甚至于先驱的圣迹——星路也入侵了先行者的主要核心战略要地，其力量几乎碾压一切，并使先行者的武装力量迅速失效。先行者的防御体系终于崩溃，不得不考虑最终手段，种族首脑大架构师牺牲了自己和大方舟，将最后的希望寄托在小方舟与仅剩的环带阵列上，这一最后手段借大架构师所争取的宝贵时间而得以重获实施的可能性。智库长此时正在地球索引物种、关闭导向方舟的传送门，虫族则大肆进攻地球，希望侵入传送门进而摧毁仅剩的这座方舟以阻止先行者“同归于尽”。为了确保方舟的安全，智库长摧毁了所有能够带她回到方舟的圣匙战舰（keyship），认为保存银河系物种的重任比自己的生命重要得多。宣教士派出营救部队，要赶在环带发射前接回妻子，但是都被偏见之僧的舰队拦截。　　 先行者新建的军事人工智能进攻偏执（offensive bias）利用偏见之僧在最终关键时刻精力的转移和兵力处绝对优势下的疏忽，成功以5:2183的悬殊兵力争取到了最后的一点时间，环带阵列中的7个环带启动，击溃大部分虫族舰队，虫族的武装力量瞬间崩溃，进攻偏执从而获得了 6:1的兵力优势，反败为胜并俘获了偏见之僧。随着环带阵列的启动，银河系所有不受方舟和护盾世界保护的生物全部被杀死，随后方舟上的keyship将先行者保存索引的物种送回各自星系。先行者与虫族的战争结束。　　 继承遗产　　 先行者以先驱保护星系生命的“衣钵”重任为自己种族的核心意志，最后却又不得不为此亲手屠宰银河系的全部生命，这种莫大的讽刺与苦痛或许才是先驱丢给先行者的惩罚。智库长认为人类与先行者都是先驱下面同源的生命，而且作为先驱选定的“衣钵”真正继承者，将来同样可以成为先行者的继承人。在被环带杀死前，她在进行索引时将先行者的一些神秘的基因指令(geas)注入到人类基因之中，使得人类可以让先行者设施引导者和系统所识别。这为后来先行者科技被封存后古人类获得继承先行者力量的权力埋下了伏笔。同时，失去了先驱操纵的虫族尚未灭绝，成为了未来银河中所有生命的公敌。