劫迁皇帝在即，朱温开始清除异己。他听说已致仕的张濬居住在洛阳长水，王师范之举兵，张濬参与其谋。朱温心说道“当年你为我煽动藩镇讨伐李克用，划策灭韩建，我对你甚是感激。可为何后来我围凤翔时竟煽动藩镇讨伐我？还劝王师范举兵？与我作对，那你可就别怪我不念旧情了！”朱温要夺唐社稷，怕张濬再次扇动藩镇，便令洛阳张全义除之。张全义就遣牙将杨麟带兵伪装为劫盗，包围张濬的别墅后将其杀掉。 　　 904正月，朱温又上表说崔胤专权乱国，离间君臣，还有其党与六军诸卫副使郑元规、威远军使陈班等，皆请诛之。唐昭宗不得已贬崔胤太子少傅，郑元规、陈班也都贬官。后来又下诏列崔胤罪状，遣散了崔胤的所募兵。但这岂能让朱温满意？心说你不杀他老子杀他！朱温密令宿卫都指挥使朱友谅带兵包围崔胤宅邸，杀崔胤及郑元规、陈班以及崔胤所亲厚者数人。崔胤之死，大快人心。市人都一边谩骂、一边争投瓦砾以击崔胤尸体。 　　 异己已除，朱温决议劫迁天子。他派使者上表，言道“陛下，凤翔贼来犯，我已令张全义尽快修缮东都宫室，为了陛下安全，还请移驾洛阳。”唐昭宗万念俱灰，满心凄凉，在朱友谅的催促下，不得不开始东行。士民先被驱赶前行，号哭满路，骂道：“贼臣崔胤召朱温来倾覆社稷，使我曹流离至此！“扶老携幼、鱼贯而行，一个多月都没间断。 　　 正月下旬，车驾从长安出发，朱温以其将张廷范为御营使，将长安宫室、百司及民间庐舍全部毁坏，取其材木，浮渭河而下，长安自此成为一片丘墟。朱温征调河南、北诸镇丁匠数万，令张全义修治东都宫室，江、浙、湖、岭诸镇附于朱温的，都输货财以助。 　　 月末车驾到达华州，百姓夹道呼万岁，李晔哭泣着说道：“勿呼万岁，朕已不再是你们的主了！“晚上在兴德宫留宿，李晔对侍臣道：“俗话说‘纥干山头冻杀雀，何不飞去生处乐。’朕今漂泊，不知将流落到何方！“言毕泣下沾襟，左右之人也都伤感唏嘘，难以仰视。 　　 二月初十，车驾到陕州，李晔以东都宫室未成为由，停留于陕。暗中派使者以御札告难于王建，为其晋爵为蜀王，令其出兵勤王。王建就派王宗祐带兵前往，欲会和凤翔兵共迎车驾，但到达兴平时，遇汴兵阻路，不得进而还。 　　 三月上旬，朱温亲自前来朝见，李晔使朱温兼判左、右神策及六军诸卫事。数日后，朱温与李晔辞别，说自己要先赴洛阳监督修宫室。李晔便与群臣共宴以为朱温送行。半酣，李晔假装自己鞋带脱了，呼朱温道：“爱卿可否为朕系鞋。”朱温不得已，战战兢兢的跪在李晔脚钱为其结带，汗流浃背。 　　 原来宴前李晔已与身边的数名卫士谋划好，以系鞋为号，擒杀朱温。然而此时李晔向他们使眼色，目光三动，这几个卫士竟因畏惧朱温之势，无一动者。 　　 李晔内心暗暗的愤惋。此计不成，他又生一计。宴罢后，李晔独留朱温与朱友恭饮酒。数杯后，何皇后突然起身外出，回来时亲自捧着玉卮为朱温敬酒。朱友恭发现晋国夫人（名为可证）这时贴到李晔耳旁微声细语。朱友恭察觉出异样，怕是李晔要暗算朱温，恐是酒有毒，赶忙暗中踩朱温之足，朱温便佯装已醉，难以再饮，速速退出。独留李晔与何后怅恨叹息而已。李晔叹道：“自己纵有英锐之气，奈衰运不振何？左右又无忠义可使之人，哎，恐大唐国祚终将亡于我手！” 　　 朱温走后，李晔又暗中派使者拿着自己亲自手写的丝绢去见李克用、王建、杨行密等。上面写道：“朕一到洛阳，必为贼所幽闭，到时诏敕皆出其手，朕意不复得通，爱卿若体朕情怀，心系我唐，望联合诸藩镇以图匡复！“ 　　 四月时，朱温上表奏道洛阳宫室已成，请车驾早发，表章接连不断。而李晔则派晋国夫人可证来传诏，对朱温说皇后刚产子，不便立即就路，请等到十月再东行。朱温怀疑李晔徘徊不前，可能有密谋，在等待什么变故。他很是恼怒，对牙将寇彦卿道：“汝速至陕州，即日催促皇帝起驾。“在寇彦卿的催促下，车驾不得不从陕州出发。 　　 数日后，朱温在新安迎接车驾。朱温怀疑上次宴会是有人谋划杀己，于是令医官许昭远诬告医官阎祐之、司天监王墀、内都知韦周、以及晋国夫人可证等谋害自己，将他们全部收捕杀掉。这一天原本晴朗的天空忽然变得晦暗，风沙大作，暴雨如注，雨水杂尘土而下，数步之外不辨人物。 　　 自崔胤死后，帝之六军全部逃散，身边所剩的仅有侍卫、供奉、内园小儿共二百余人，跟随李晔东行。朱温对他们也不放心，为他们设食于一处，又将他们全部杀掉。而朱温早已选好二百余人身材、状貌与他们相似的，使穿上他们的衣服，代替他们作为皇帝的侍者。整日借酒消愁的李晔好几天才觉察出来，自此皇帝左右供调遣、传令、侍奉的人全部都是朱温的人了。李晔被朱温严密把控了起来。 　　 车驾进入洛阳宫殿，李晔登御座，受百官朝拜，大赦天下。朱温使皇帝下诏以蒋玄晖为枢密使，张廷范为金吾将军、朱友恭为左龙武统军，保大节度使氏叔琮为右龙武统军，担负皇帝的宿卫之职，这几人都是朱温的腹心。自谓功大，厚颜不惭的朱温还令官员上奏：“西京旧有凌烟阁，图画功臣，今迁都洛阳，合议修建。副将军梁王勋庸冠世，请在凌烟阁之侧别创一阁，以表殊勋。”唐昭宗只得听从，为朱温独建了一功臣阁。朱温还命改魏博镇为天雄军，使唐昭宗为深附于己的天雄节度使罗绍威晋爵为邺王，之后下诏讨伐李茂贞、杨崇本。