武德元年八月，薛举病殁，薛仁杲嗣位。　　李世民对于前次兵败耿耿于怀，自请出师，得到李渊允准。　　这次李药师没有随行，因为李药王去世了。　　社稷板荡时期，所有官兵照例夺情起复，移孝作忠。　　虽然不得守孝，但丧礼总得备办。　　李药师、李客师得到三十六日丧假，携眷赶回昆明池。　　他们兄弟感情笃厚，却也只能节哀尽礼，将李药王的棺椁暂厝于昆明池南的山麓。　　李药师虽然不在身边，李世民仍与他书信往还。　　西秦军的优势在于素有“陇西铁骑”之誉的骑兵，骑兵的根本则在良马。　　西魏、北周以至隋代，主要的养马牧场都在陇西，这里自然拥有最优秀的骑兵。　　不过这方面唐军也不遑多让，北朝诸代都将陇西幼驹迁至关中，调教训练之后供朝廷使用。　　李药师在隋代曾经任职驾部，对此非常清楚。　　西秦军的劣势则在兵力。　　薛举号称三十万大军，但陇西诸郡合计仅八万户，四十万口。　　纵使极限动员，也不过八万人马。　　西秦西方必须防御西凉李轨，还得留守其根据地折墌城，因此能够出师东方的，顶多两、三万兵员。　　所以前次，殷开山才会因为敌军不如预期之众而执意出击。　　不过这方面唐军同样窘困。　　当时李渊麾下大约二十余万兵员，必须同时顾及太原、潼关、河东、山南等前线，还要守御长安。　　因此能让李世民带往陇西的，也只有两、三万人马。　　西秦军与唐军的最大差异在于粮秣。　　隋代六大粮仓中，华州的永丰仓在李渊入长安后就由唐军掌控，陕州的常平仓在屈突通归降之后也进入唐军势力范围。　　然而薛举起兵，靠的只是陇西的地方仓储。　　因此李唐的财经状况，大大优于西秦。　　分析敌我形势，李药师认为前次李世民的战术完全正确。　　西秦粮秣不济，兵将靠的是一股锐气，过于急躁，缺乏耐心。　　薛举时期已是如此，薛仁杲性格比他父亲更为酷烈，也更禁不起持久拖延。　　于是李世民郑重告诫随行诸将，对方前次大胜，必定轻敌好斗，然而骄兵必败。　　我军此时须筑深沟高垒，坚壁清野，以挫其锐气。　　待敌方气衰，然后奋击，必可一战而破。　　因此严令：“敢言战者斩！”　　如此，两军相持将近三个月。　　薛仁杲御下苛虐，暴勇无谋，时间一久，粮饷不济，非但士卒脱逃，甚至手下官吏都率众归降李唐。　　此时唐军待战已久，李世民一声出击，劲卒快马奋勇酣战，大破西秦军于浅水原。　　这年十一月，李世民率军直捣折墌城，擒缚薛仁杲而归。　　薛仁杲伏诛，陇西遂平。　　在李世民与薛仁杲对峙的两三个月中，“天下”局势丕变：李密归降李唐，这代表东都出现极大变化。　　当初李世民接到李渊撤军的命令，依李药师之计大败段达，抽身返回长安。　　那时东都附近，尚余王世充、李密、宇文化及三家势力。　　李密听说宇文化及直扑黎阳抢粮，即刻回师救援。　　如此，瓦岗军就变成两面受敌。　　不过东都内部也有矛盾。　　杨广遭到缢弒，王世充拥立越王杨侗。　　对于东都来说，宇文化及缢弒先帝，乃是怙恶不悛的国贼，而瓦岗只是据地起事的草寇。　　何况王世充专横跋扈，杨侗其实希望能借李密之手将他除去，于是遣人向李密示好。　　李密大喜，率瓦岗军与宇文化及的江都军大战，将之逼退。　　江都军中当初迫于形势追随宇文的隋臣，此时颇有几人投入瓦岗。　　其中包括许敬宗，他入唐后成为秦府十八学士之一，至唐高宗李治时期曾经拜相，更是日后李靖碑的撰写者。　　当时魏玄成也在瓦岗军中，不过他已改用学名魏征了。　　江都军没有达到攻占粮仓的目的，后勤补给更加困难，接近哗变的边缘。　　这年九月，宇文化及行至魏州，废黜秦王杨浩，自称大许皇帝，不久即将杨浩鸩弒。　　至于李密，他大破宇文化及，满心以为东都即将迎他入朝辅政。　　未料王世充却趁李密和宇文化及大战之机，在洛阳发动兵变，从此独揽朝政。　　李密因此拒绝进入东都，而与王世充对战。　　瓦岗大败，裴仁基、秦叔宝、祖君彦、程知节等俱被擒获；单雄信等则降附王世充。　　李密遭到重创，率王伯当等西走长安，投奔李唐，以为必当大受礼遇。　　然并没有得到预期的重视，不免怏怏。　　李世民平灭西秦，缚薛仁杲凯旋。　　李渊派李密前往迎迓，在豳州相遇。　　李世民待他的礼数也并不隆重，李密更加失望。　　此时的李世民，心思哪会放在李密身上？入朝覆旨之后，他的第一要务就是去访李药师。　　李药师已从昆明池回到长安，李世民急着想问清楚，那位紫衣御史，究竟是怎么回事？　　在这三个月中，李世民早已将此事来回前后、前后来回地推敲，心里也早已有底。　　于是这天他骑马前往李药师家中，身后还跟了一乘巾车，竟是秦王妃的法驾。　　在这三个月中，李药师也一直在准备李世民到访。　　然听说王妃一同驾临，却令他有些意外。　　因为秦王妃长孙无垢，已怀有数月身孕。　　不过李世民用这方法让出尘必须现身，倒也不失礼数。　　于是夫妻二人一同迎出大门，未料从车中出来的，竟是蕣华！　　原来将近一年之前，在秦王府的“家宴”中，蕣华、出尘相继抚琴之后，李世民便将蕣华纳入庭闱了。　　此时蕣华已是侧妃，李药师、出尘依礼参见。　　蕣华不受，扶起出尘；李世民也将李药师拦下。　　四人进入正厅，入座之后，李世民先对李药王的后事略表致意，随即说道：“孤今日带蕣华前来，可是为要让她拜师的。”　　说着便命蕣华以师礼拜见出尘。　　出尘自然不受，扶住蕣华。　　李药师躬身谢道：“臣妇何能？得殿下、王妃青睐！”